Hanasaari on luonnollinen toimija pohjoismaisessa yhteistyössä ja tärkeitä yhteistyökumppaneita ovat Pohjoismaiden neuvosto sekä Pohjoismaiden ministerineuvosto kansallisine laitoksineen. Hanasaarella on myös vankka yhteistyöperinne kansalaisjärjestöjen kanssa.